Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan (BDPTK) Medan berdiri pada tahun 1981 melalui Keputusan Menteri Agama nomor 45 tahun 1981 tentang Susunan Organisasi, Tugas Pokok, Fungsi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi, Kantor Departemen Agama Kabupaten atau Kotamadya dan Balai Diklalt Pegawai Teknis Keagamaan. Pada periode ini, wilayah kerjanya adalah Provinsi Sumatera Utara dan Provinsi Aceh.
Pada tahun sebelumnya, yaitu tahun 1979 sampai pada tahun 1980, ketika masih bernama Balai Penataran Guru Agama (BPGA), wilayah kerjanya meliputi empat provinsi yaitu Sumatera Utara, Aceh, Sumatera Barat dan Riau.
Secara organisasi, BPGA bertanggung jawab langsung kepada Sekjen Departemen Agama cq. Pusdiklat Departemen Agama. Pada periode ini, BPGA memiliki struktur sebagai berikut:
1. Kepala Balai Diklat.
2. Seksi Diklat Tata Usaha.
3. Seksi Diklat Guru Agama.
4. Seksi Diklat Tenaga Teknis Keagamaan.
BDPTK dalam melaksanakan tugas dan fungsinya hanya terfokus pada pegawai Administrasi, sedangkan pendidikan dan pelatihan guru masih dilaksanakan oleh Kanwil Departemen Agama Provinsi. Sejak tahun 1984, berdasarkan KMA Nomor 45 tahun 1984 Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Padang didirikan. Saat itu Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Padang memiliki wilayah kerja sebanyak 3 provinsi yaitu Sumatera Barat, Riau dan Jambi. Dengan begitu maka Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Medan hanya memiliki 2 wilayah kerja yaitu Sumatera Utara dan Aceh.
Sejalan dengan perkembangan pendidikan di Indonesia dan pertumbuhan madrasah di lingkungan Departemen Agama, pada tahun 2002 lahirlah instruksi Menteri Agama nomor 2 Tahun 2002 tentang Pengalihan Perencanaan Program dan Anggaran serta Pelaksanaan Diklat di Lingkungan Departemen Agama. Berdasarkan Instruksi Menteri Agama tersebut, maka seluruh kegiatan diklat, baik diklat tenaga administrasi maupun diklat tenaga teknis keagamaan sepenuhnya dilaksanakan oleh BDPTK yang selanjutnya diubah menjadi Balai Diklat Keagamaan (BDK) dan secara organisatoris bertanggung jawab kepada Badan Litbang dan Diklat Departemen Agama.
Pada tanggal 24 Juni tahun 2004, lahir Keputtusan Menteri Agama nomor 345 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Diklat Keagamaan dengan struktur organisasi sebagai berikut:
1. Kepala Balai Diklat
2. Sub Bagian Tata Usaha
3. Seksi Diklat Tenaga Administrasi
4. Seksi Diklat Tenaga Teknis Keagamaan
Seiring dengan perkembangan dan kebutuhan organisasi, ada wacana untuk pembentukan Balai Diklat Keagamaan di Aceh. Pada tahun 2012 hal itu terwujud dengan terbitnya PMA Nomor 38 Tahun 2012 tentang struktur dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan Provinsi Aceh. Dengan berdirinya Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagaman Provinsi Aceh, maka Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan Medan, saat ini hanya memiliki satu wilayah kerja yaitu Provinsi Sumatera Utara.
Sejak berdirinya, Balai Diklat Keagamaan Medan telah dipimpin oleh sepuluh orang Kepala Balai Diklat sebagai berikut :
NO. | NAMA | PERIODE |
1. | Drs. H. Zulkarnain Daulay | 1979 s.d. 1982 |
2. | Drs. Sukamto | 1982 s.d. 1991 |
3. | Drs. Muis Aziz, M.Si. | 1991 s.d. 1997 |
4. | H. Taufiqurrahman, S.H. | 1997 s.d. 1999 |
5. | Drs. H. Amas Muda Siregar, M.B.A., M.M. | 1999 s.d. 2002 |
6. | Drs. H. Ahmad Idris Siregar, M.Pd. | 2002 s.d. 2006 |
7. | Drs. H. M. Thoha Daulay, M.M. | 2006 s.d. 2012 |
8. | Dr. H. Syaukani, M.Ed.Adm. | 2013 s.d. 2015 |
9. | Drs. H. Khoirul Amani, M.A. | 2015 s.d. 2019 |
10. | Dr. Salman Al Farisi, S.Ag., M.Pd. | 2019 s.d. sekarang |